Sistem pengelolaan Program Pendidikan Dokter Spesoalis mengacu kepada struktur standar di FKUB di mana prodi dipimpin oleh ketua program dan dibantu oleh Sekretaris Program, dengan tugas pokok masing-masing sebagai berikut:
Ketua TKP PPDS I mempunyai tugas sebagai pemimpin dan penanggung jawab utama penyelenggaraan dan pengembangan Program Pendidikan Dokter Spesialis dengan tugas pokok mengkoordinasikan seluruh aktivitas baik akademik maupun non-akademik, baik dilingkungan Program Studi, lembaga lain yang terkait dan masyarakat luas dan melaporkannya kepada Dekan.
Sekretaris TKP PPDS bertugas sebagai pembantu ketua program dalam penyelenggaraan dan pengembangan Program Pendidikan Dokter Spesialis. Ketua dan Sekretaris TKP PPDS juga dibantu seorang koordinator program pendiikan profesi yang bertugas mengkoordinator dan memonitor semua staf administrasi baik di TKP PPDS maupun semua staf administrasi di lingkungan laboratorium terkait, Seluruh tenaga kependidikan melingkupi beberapa tugas dan tanggung jawab dalam penyelenggaraan pendidikan sejak pendaftaran calon mahasiswa hingga wisuda lulusan.
Pada periode masa jabatan 2008 – 2012 struktur organisasi TKP PPDS telah dibagi menjadi 3 bidang Pengelolaan, yaitu bidang akademik & kerjasama, bidang keuangan dan bidang umum perlengkapan & Teknologi Informasi yang mempunyai fungsi dan tugas antara lain:
1. Bidang Akademik & Kerjasama
- Merancang sistem penerimaan mahasiswa
- Menyelanggarakan, mengkoordinasi seleksi dan melaporkan penerimaan mahasiswa
- Menyelenggarakan Pradik PPDS, Perkuliahan Mata Kuliah Dasar Umum, dan Orientasi Pendidikan
- Memonitor dan membuat laporan kemajuan Studi mahasiswa aktif
- Melaporkan PPDS yang telah menyelelsaikan masa Studi dari semua Program Studi dan menyelenggarakan wisuda dan pelantikan mahasiswa
- Mengkoordinasikan penerimaan penyesuaian pengalaman (adaptasi) dokter lulusan luar negeri
- Mengusulkan kerjasama dengan badan/lembaga setara lainnya
- Melakukan koordinasi dengan Ketua Program Studi dalam proses pendidikan mahasiswa
- Membantu ketua program dalam merancang, mengembangkan dan melaksanakan program kerjasama dengan pihak ketiga khususnya dalam pengembangan kualitas pendidikan dan pendayagunaan tenaga kesehatan kepada masyarakat khususnya Daerah tertinggal, perbatasan dan rawan konflik.
- Menangani berbagai permasalahan akademik yang dihadapi oleh para mahasiswa.
- Dalam melaksanakan tugas di bidang Akademik ketua TKP PPDS I di bantu oleh 2 staf administrasi
2. Bidang Keuangan
- Mempersiapkan dan membuat dokumen anggaran penyelenggaraan program studi sesuai dengan jadwal yang ditetapkan fakultas.
- Menerima, Mencatat, merekap dan melakukan pembayaran arus keluar/masuk dana dan pajak-pajak terhutang
- Mengkoordinasi seluh staf administrasi keuangan di lingkungan Program Studi Pendidian Dokter Spesialis terkait dalam hal pelaksanakan administrasi penggunaan anggaran dalam mendukung kegiatan baik bersifat akademik maupun non-akademik.
- Membuat laporan pertanggung jawaban penggunaan anggaran
- Berkoordinasi dengan staf Fakultas/Universitas mengenai rekap dana registrasi/herregistrasi.
- Membantu ketua program studi dalam merancang, mengembangkan dan menyelenggarakan kegiatan kerjasama pengabdian pada masyarakat, khususnya dalam penyelenggaraan penugasan khusus guna pelayanan kesehatan di daerah penugasan.
- Dalam melaksanakan tugas di bidang keuangan ketua TKP PPDS I di bantu oleh 2 staf administrasi
3. Bidang Umum Perlengkapan & Teknologi Informasi
- Melakukan sirkulasi informasi surat menyurat melalui website, kurir, dan media lain.
- Melaksanakan fungsi pengarsipan/ penyimpan dan pemeliharaan dokumen, sarana dan prasarana sesuai standar Nasional
- Memonitor penggunaan ruangan dan alat pendidikan, kelistrikan, jaringan internet
- Merancang dan mendisain upaya sosialisasi program ke pihak luar khususnya melalui website, Brosur, Banner, booklet dan media informasi lainnya.
- Memonitor dan mempersiapkan penggunaan alat transportasi kantor
- ini